1. Zgradba in princip delovanja: Plinska kromatografija-masna spektrometrija (GC-MS) je naprava, ki plinskemu kromatografu doda detektor masne spektrometrije. Plinski kromatograf uporablja plin kot nosilni plin, segreje in upari vzorec v plinsko fazo ter ga prenese po kromatografski koloni do detektorja. Plinska kromatografija-masni spektrometer uporablja tudi plin kot nosilni plin za segrevanje in izparevanje vzorca v plinsko fazo. Vendar po kromatografiji molekule vzorca ionizira vir ionov, kar povzroči ionski tok, ki se prenese na detektor masne spektrometrije za detekcijo. Po analizi z analizatorjem signal zabeleži detektor, da pridobi informacije o sestavi vzorca. Zato ima plinska kromatografija-masna spektrometrija dvojne prednosti plinske kromatografije-masne spektrometrije.
2. Občutljivost in ločljivost: zaradi dodatka plasti detektorja masne spektrometrije na vrhu plinskega kromatografa sta občutljivost in ločljivost masnega spektrometra za plinsko kromatografijo višji kot pri masnem spektrometru za plinsko kromatografijo. Plinska kromatografija-masna spektrometrija lahko analizira kompleksnejše vzorce in zazna spojine z zelo nizko vsebnostjo.
3. Cena: V primerjavi s plinskimi kromatografi ima plinska kromatografija-masna spektrometrija (GC-MS) dodatno plast detektorja masne spektrometrije, zato je tudi njena cena višja kot pri plinski kromatografiji. Primerno za situacije, kjer so visoke zahteve glede natančnosti zaznavanja, globine analize in občutljivosti pri raziskavah.
Če povzamemo, plinska kromatografija-masna spektrometrija (GC-MS) združuje plinsko kromatografijo-masno spektrometrijo (GC-MS) z detektorjem masne spektrometrije, ki lahko analizira bolj zapletene vzorce z večjo občutljivostjo in ločljivostjo. Primeren je za situacije, ko se pri raziskavah zahteva visoka natančnost detekcije, globina analize in občutljivost, vendar je tudi cena višja.